註釋
時代背景為中國元朝末年，《神鵰俠侶》結尾的近百年後。故事圍繞兩樣兵器屠龍刀和倚天劍。出場的真實歷史人物包括張三丰、朱元璋、陳友諒、常遇春、徐達、汝陽王察罕帖木兒、韓林兒等等。設定中的當時社會之焦點主要是以明教為首的「邪派」和以少林、武當為首的正派之爭，以及起義軍和朝廷的對抗。涉及的武林秘笈包括《九陽真經》、《九陰真經》、《七傷拳譜》等等。
小說前兩章延續《神鵰俠侶》的結尾，描述南宋末年郭襄、張君寶的經歷以及武當派的起源。故事正式情節從第三章開始，時為元順帝至元二年三月廿四日（1336年5月5日）。
第三次華山論劍後，郭靖之女郭襄一人騎?青驢，走遍天下，尋訪楊過和小龍女 。三年後，到河南少林寺找楊過的好友、羅漢堂首座無色禪師詢問楊、龍二人的下落不果。
其間遇上來自西域的「崑崙三聖」何足道，兩人互相切磋棋藝和琴藝。何足道精於劍術，欲向少林寺挑戰，卻被少林僧人覺遠及其弟子張君寶的「九陽神功」震退，悄然返回西域。覺遠、張君寶因無師自學少林武功犯了門規而被少林寺派人捉拿，郭襄遂同二人逃下少室山。覺遠坐化前背誦《九陽真經》，在旁伴?的郭襄、張君寶、無色禪師三人各自記住了一部分。最終這些內容分別成為了少林、峨眉、武當的九陽功。後來張三丰(張君寶)根據九陽功及少林功法變通，且自創內家拳，自成一家，稱武當派。武當為內家之宗，在武林中與少林齊名。
數十年以後，其時江湖流傳一句話︰「武林至尊，寶刀屠龍。號令天下，莫敢不從。倚天不出，誰與爭鋒。」武林中人便因此而展開對「倚天劍」與「屠龍刀」兩把兵器的激烈爭逐。
武當派俞岱巖偶然下得到屠龍刀，欲返回武當山將之交給師父張三丰發落，途中卻遭天鷹教暗算擒獲，屠龍刀被奪去。
天鷹教於王盤山島舉行英雄宴，席間展示屠龍刀，金毛獅王謝遜於此時突然現身並將寶刀奪去。謝遜以「獅子吼」將眾人震至失聰後，擄走武當派張翠山及天鷹教殷素素乘船離島。三人在海上遇難，輾轉流落到冰火島，在島上一住便是十年，其間張翠山與殷素素成親，並生下一子張無忌。
十歲的張無忌與父母返回中原，謝遜則繼續留在冰火島，苦思屠龍刀有關「號令天下」的秘密，好讓自己能報卻妻兒之仇。
在武當山上，張無忌的父母不肯向武林人士道出謝遜及屠龍刀的下落而雙雙自殺。
十年後，謝遜的仇人成崑蓄意挑起武林爭端，教唆六大門派圍攻明教的總壇光明頂，臨近事成之際卻給身負九陽神功和乾坤大挪移心法的少年張無忌弄砸，功虧一簣。其間，張無忌給峨嵋派周芷若用倚天劍刺中右胸後竟只受傷而不死，由此察覺到周芷若對自己已生情意。 張無忌天性淳厚，待人友善，不欲正、邪兩派互相殘殺，遂挺身介入光明頂一役裏，使明教免卻滅頂之禍。 張無忌在此役後名震天下，憑著蓋世武功，年紀輕輕便當上新任明教教主。
六大門派於回程時遭朝廷所派遣的高手伏擊後悉數被擒，囚禁於大都萬安寺內。 峨嵋派的鎮派之寶倚天劍，亦落入汝陽王府的紹敏郡主趙敏手中。張無忌救回六大派後，應趙敏借看屠龍刀之請求，欲到冰火島找義父謝遜去。其間卻打聽到義父的下落，二人遂乘船到靈蛇島，重遇謝遜。原來靈蛇島的主人金花婆婆，曾敗在峨嵋派掌門人滅絕師太的倚天劍之下，遂接回昔日夥伴謝遜到島上來，欲向其借取屠龍刀，以雪當年一敗的恥辱。
金花婆婆隨明教總教使者離開到波斯去後，張無忌、謝遜等人為避開中原武林人士趕來搶奪屠龍刀而離開靈蛇島，並流落到附近的荒島上。周芷若為了達成師父的遺願，在島上把眾人迷倒後將倚天劍和屠龍刀盜去，然後互砍刀劍，取得收藏在劍內的武功秘笈《九陰真經》，並藉此練成「九陰白骨爪」和「白蟒鞭法」，成為一流高手。
成崑在消滅明教、控制丐幫的陰謀相繼失敗後便欲向少林派下手，先將重返中原的謝遜擒獲，並將之囚在少室山以作餌誘，再教唆少林空聞方丈舉行屠獅英雄大會，欲使各門各派自相殘殺，好讓自己坐收漁人之利。最終成崑的詭計在張無忌、趙敏、「神鵰俠侶」之後人楊氏女等人的干預下再次功敗垂成，及後更被謝遜的七傷拳打至筋脈盡斷，成為廢人。
在少室山上，周芷若欲殺人滅口把謝遜除掉之際，被楊氏女及時出手阻止，又給其正大光明的《九陰真經》武功「摧堅神爪」所製服，自己在荒島上的劣行跟?亦當眾被揭破。
其後張無忌、趙敏二人從周芷若身上取得《九陰真經》、《武穆遺書》及兩塊刻有桃花島地圖的鐵片，由此得悉屠龍刀、倚天劍的秘密。原來，在南宋末年，在元軍侵入宋境、襄陽快失陷時，大俠郭靖、黃蓉夫婦委託匠人把「神鵰俠侶」楊過 、小龍女所贈的玄鐵重劍、君子劍、淑女劍分別熔鑄成倚天劍及屠龍刀，然後將《九陰真經》、《降龍十八掌掌法精義》和《武穆遺書》收藏於其中，寄望後人以此復國。
後來張無忌把《武穆遺書》贈給義軍將領徐達，以助其率領義軍，連敗元兵，將蒙古人逐回塞外，還我漢族河山，大俠郭靖、黃蓉夫婦當年的遺願亦得以達成。
張無忌卸下明教教主職務後，與趙敏寄跡蒙古，但其內心仍希望與小昭、周芷若(不好意思指不悔)、殷離再續前緣。
金庸在世紀新修版《倚天屠龍記》後記中寫道：「張無忌最後與趙敏前往蒙古，從此不回中土，但如出現其他偶然因素，周芷若可能去蒙古找他，他可能和趙敏同去波斯找小昭，可能為了明教而不得不獨自回中土辦事，也可能在西域遇到殷離……世事主要是人為的，而張無忌只記得別人對他的好處，於是，人人都是好人，人人都很可愛……」
